Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) IAIN Ponorogo adalah fakultas yang paling muda di antara fakultas-fakultas lain yang terdapat di lingkungan IAIN Ponorogo. Sejarah pendiriannya dapat ditelusuri hingga Fakultas Syariah IAIN Ponorogo, yang merupakan fakultas tertua di kampus ini. Pada awalnya, FEBI merupakan bagian dari Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam di STAIN Ponorogo, yang sekarang telah berganti nama menjadi Fakultas Syariah IAIN Ponorogo.
FEBI IAIN Ponorogo memiliki akar yang berasal dari dua Program Studi, yaitu Sarjana Ekonomi Syariah dan Perbankan Syariah, yang awalnya merupakan bagian dari Jurusan Syariah. Kedua Program Studi ini memperoleh izin pendirian pada tahun 2014 dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam dengan Surat Keputusan No. 7062 tahun 2014. Selanjutnya, pada tahun 2015, Program Studi Zakat dan Wakaf juga dibuka dengan izin pendirian yang diberikan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Islam, sesuai Surat Keputusan No. 4723 tahun 2015. Sesuai dengan nomenklatur program studi, pada tahun 2017, Program Studi Zakat dan Wakaf diubah menjadi Program Studi Manajemen Zakat dan Wakaf berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Islam No. 2084 tahun 2017. Pada tahun 2017, Program Studi Perbankan Syariah FEBI IAIN Ponorogo menjalani proses akreditasi dan berhasil meraih peringkat B melalui Surat Keputusan BAN-PT Nomor 1517/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2019.
